要取消云南农村信用社的短信费自动扣款，可以按照以下步骤进行。
1、前往云南农村信用社的官方网站或手机应用程序，并登录账户。
2、进入账户管理或安全中心等页面，找到短信服务或消息服务等相关选项。
3、在短信服务页面中，选择取消短信服务或退订服务。
4、确认取消操作，并按照页面提示完成相关验证。
5、取消成功后，系统将停止自动扣款，并发送通知确认取消操作。
也可以携带有效身份证件和银行卡前往云南农村信用社营业网点柜台办理取消短信服务的手续，部分银行还允许通过拨打客服电话来取消短信服务，如果还有其他疑问或需要更多帮助，可以联系云南农村信用社客服进行咨询。
