苹果手机短信自动删除，即使已经勾选永久保存，可能是由于以下几个原因导致的。
1、存储空间不足：当设备存储空间不足时，手机可能会自动删除一些短信以腾出空间，可以尝试清理一些不需要的文件或卸载不常用的应用程序，以释放存储空间。
2、账户问题：如果短信是通过一个特定的账户接收的，那么可能是账户设置出现了问题，检查与该账户相关的短信设置，确保短信保存选项已开启。
3、系统问题：可能是系统出现了错误导致短信自动删除，可以尝试重启手机，或者更新系统到最新版本，以修复可能存在的软件问题。
4、第三方应用干扰：某些第三方应用可能会干扰短信的正常功能，检查已安装的应用程序，特别是那些关于短信和通讯的应用，尝试暂时禁用或删除它们，然后观察是否仍然出现自动删除的情况。
5、短信服务问题：可能是短信服务本身存在问题导致的，可以尝试联系运营商或苹果官方客服，了解是否存在相关的问题或解决方案。
如果以上方法都无法解决问题，建议备份手机数据后尝试恢复系统设置（设置-通用-还原），以排除软件问题，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果售后服务中心寻求进一步的技术支持。
