如果iPhone上的短信已经被删除，且最近删除文件夹也是空的，那么恢复已删除的短信可能会比较困难。不过，可以尝试以下几种方法来找回丢失的短信。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份过iPhone，那么可以从备份中恢复已删除的短信，在电脑上打开iTunes，然后找到之前的备份文件并恢复。
2、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份，也可以尝试从iCloud备份中恢复短信，登录iCloud官网，进入备份部分，找到对应的备份文件并恢复。
3、使用第三方软件恢复：有一些第三方软件可以帮助恢复已删除的iPhone数据，包括短信，可以在App Store中搜索相关软件并尝试使用，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，因此在使用之前请确保软件的可靠性。
4、寻求专业技术支持：如果以上方法都无法找回丢失的短信，建议寻求苹果官方或专业的数据恢复服务帮助，他们可能有更高级的技术来恢复已删除的数据。
无论使用哪种方法，恢复成功的机会都不是百分百的，因此建议定期备份iPhone数据以避免数据丢失，为了避免短信再次丢失，还可以开启iTunes或iCloud备份以及开启短信iCloud云同步功能。
仅供参考，如不能解决问题，建议咨询苹果官方客服或专业技术人员。
