苹果短信被删除可能有以下几种原因。
1、误操作：不小心长按或者滑动删除了短信。
2、自动清理：苹果手机的内存管理机制可能会导致系统自动清理短信，特别是在内存不足的情况下，某些第三方清理软件也可能在未经用户同意的情况下删除短信。
3、短信非本地存储：如果短信是通过iCloud或其他云服务存储的，本地删除操作可能只是将本地记录删除，而云端记录仍然保留，重新同步可能会恢复这些短信，但如果是手动删除或云端存储过期导致的删除，则可能无法恢复。
如果怀疑短信是被恶意删除或有其他异常情况，请检查手机是否被他人操作或是否有病毒影响，定期备份短信和其他重要数据是一个好习惯，以避免意外丢失，如果无法确定具体原因或无法恢复删除的短信，建议咨询苹果官方客服或专业技术人员获取帮助。
