如果您的苹果手机短信显示时间都是凌晨3点，可能有以下几种原因。
1、时间设置问题：检查手机的时间设置是否正确，如果时间设置不正确，可能会导致短信显示的时间不准确，请确保手机的时间、时区等设置与当地时间一致。
2、短信发送时间问题：有些短信可能在凌晨发送，但您可能在其他时间才收到，此时短信显示的时间就是发送时间，而不是您收到的时间，请确认短信的实际发送时间。
3、系统缓存问题：有时候系统缓存会导致短信显示时间异常，您可以尝试重启手机，或者清除短信应用的缓存和数据，然后重新打开应用查看是否解决了问题。
4、SIM卡问题：如果您的SIM卡有问题，可能会导致短信接收时间不准确，您可以尝试将SIM卡取出并重新插入，或者联系运营商寻求帮助。
如果以上方法都无法解决问题，建议您备份手机数据并尝试恢复系统默认设置，或者联系苹果官方客服寻求进一步的帮助。
