如果您的苹果手机短信已经清理了，但仍然出现红点提示，这可能是由于以下几种原因导致的。
1、未读短信：可能有些未读短信仍然存在于短信应用程序中，即使您已经删除了它们，您可以尝试进入短信应用程序并检查是否有未读消息，如果有，请阅读它们后，红点应该会消失。
2、通知设置问题：有时候通知设置可能会出现问题，导致即使短信已经被清理，仍然会显示红点，您可以尝试进入手机的设置，找到通知选项，然后找到短信应用程序，检查是否有任何未开启或错误的通知设置。
3、软件问题：在某些情况下，可能是由于软件问题导致红点无法消失，您可以尝试重启设备，或者更新您的iOS系统到最新版本，这可能会解决问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或者前往苹果专卖店寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案来帮助您解决这个问题。
