苹果短信删除了又出现可能有以下几种原因。
1、可能是使用了iTunes备份并同步了设备上的短信数据，重新恢复备份时会导致已删除的短信再次出现。
2、在iCloud设置中开启了短信同步功能，在设备上删除短信后，iCloud会自动同步其他设备上的短信数据，导致已删除的短信重新出现。
3、可能是使用了第三方软件来恢复已删除的短信，这些软件可能会缓存数据，导致短信再次出现在设备上。
要永久删除短信并避免它们再次出现，可以采取以下措施：
1、直接长按想要删除的短信，选择删除对话即可彻底删除短信。
2、关闭iTunes备份和iCloud短信同步功能，以防止已删除的短信被重新同步和恢复。
3、清理设备的缓存和垃圾文件，特别是使用第三方软件恢复的已删除文件，以确保这些文件被彻底清除。
原因和解决方案仅适用于苹果设备，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服以获取更多帮助。
