如果您无法全部删除Apple短信，可能是由于以下原因。
1、某些短信可能正在等待激活或处于未同步状态，导致无法删除，您可以尝试重启设备，然后再次尝试删除。
2、可能是由于短信的存储出现问题，您可以进入已删除或垃圾箱文件夹，查看是否有之前删除的短信再次返回，如果这种情况频繁发生，可能需要检查手机的存储空间是否充足或是否存在其他存储问题。
3、如果您使用的是iOS系统的自动删除功能，但发现某些短信仍然无法删除，可能是因为这些短信包含重要的关键词或链接，系统可能自动阻止了删除操作，您可以尝试单独选择并删除这些短信。
4、在某些情况下，设备的软件问题也可能导致短信无法删除，您可以尝试更新iOS系统到最新版本，并检查是否解决了问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系Apple官方客服或前往附近的Apple专卖店寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案，在尝试任何解决方案之前，请备份重要的短信和数据，以防意外丢失。
