虽然您已经设置了苹果手机短信保存为永久，但仍然可能出现短信消失的情况。这可能是由于多种原因导致的，以下是一些可能的原因和解决方法。
1、误删除：可能是您或其他人误删了短信，请检查是否有可能其他人使用了您的手机并删除了短信。
2、软件问题：手机操作系统可能会出现一些未知的问题导致短信消失，您可以尝试重启手机，或者更新操作系统到最新版本，看是否能解决问题。
3、存储空间问题：如果手机存储空间不足，可能会导致短信无法完全同步或备份，您可以检查手机的存储空间，并尝试清理一些不需要的文件或应用，以释放更多的空间。
4、硬件问题：手机硬件故障也可能导致短信消失，如果您怀疑硬件问题，最好联系苹果官方售后或者专业手机维修店进行检查和修复。
如果您备份了短信，可以尝试从备份中恢复，如果您使用的是iTunes或iCloud备份，可以在手机上进行恢复操作，但请注意，恢复操作会覆盖当前手机上的数据，请在操作前确保备份是最新的，并谨慎操作。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助，他们可能会要求您提供更多关于问题的详细信息，并给出更具体的解决方案。
