苹果手机自动清理短信后恢复的方法取决于具体情况，以下是一些可能的解决方案。
1、通过iTunes备份恢复：如果开启了iTunes备份，那么被清理的短信可能存在于备份文件中，连接手机与电脑，打开iTunes，选择“恢复备份”，选择当前设备并选取之前的备份文件，点击“恢复”即可。
2、使用iCloud备份恢复：如果使用了iCloud备份，可以尝试通过重置手机并更新系统后利用iCloud备份恢复数据来找回短信，具体操作包括抹掉所有内容和设置，重启iPhone并选择从iCloud备份恢复，在此过程中，需要确保有足够的储存空间并保证网络连接稳定。
3、使用第三方软件恢复：市面上存在一些第三方数据恢复软件如“易我手机数据恢复大师”，可以通过扫描手机存储空间来尝试找回被清理的短信，这类软件的具体使用方法可以在其官方网站上找到，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，务必谨慎操作并在官方渠道下载软件。
如果以上方法均无法恢复被清理的短信，那么可能需要接受数据无法恢复的事实，为了防止进一步的损失，建议定期备份重要数据并谨慎选择数据恢复方法，如有更多疑问或需要帮助，建议咨询苹果官方客服或专业技术人员。
