苹果手机短信自动消失的原因可能有以下几种。
1、可能是觉得不再需要某些短信，不小心删除了。
2、可能是在设置中将短信自动删除功能开启了，只要超过一定的时间，手机中的短信就会自动删除。
3、可能是在使用某些第三方工具清理手机内存时误删短信。
4、如果曾经使用过iTunes或其他软件恢复过手机备份，也可能导致短信消失，因为恢复操作会覆盖原有的手机数据，所以可能会导致短信丢失。
针对以上原因，可以尝试以下方法来解决短信消失的问题：
1、检查是否手动删除了一些重要的短信记录，如果是误删，可以尝试从回收站或备份中恢复。
2、检查手机的短信自动删除功能是否已开启，如果是这个原因，可以关闭该功能以避免短信再次自动删除。
3、如果怀疑是被第三方软件误删，可以尝试使用数据恢复软件来找回被删除的短信，但需要注意，使用第三方软件时要谨慎，避免进一步损坏手机数据。
4、如果是因为使用iTunes等恢复备份导致的短信丢失，可以尝试重新备份并恢复手机数据，但需要在重新恢复前确保备份中包含了需要的短信记录。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。
