苹果手机的短信无故消失，即使已经开启了永久保留功能，可能有以下几个原因。
1、可能是同步问题导致的，如果使用iCloud或其他iCloud服务同步设备，可能会在某些情况下导致短信消失，可以尝试关闭iCloud中的短信同步功能，然后重新打开看看是否解决了问题。
2、手机系统的问题也可能导致短信消失，如果最近升级了系统或者手机重启过，可能会有影响，可以尝试重启设备或者更新系统到最新版本看是否能解决问题。
3、硬件问题也是一个可能的原因，虽然比较少见，但如果手机遭受过物理损坏或者进水等情况，可能会影响短信的正常存储和显示。
4、如果使用了某些第三方应用管理短信，这些应用可能会与手机自带的短信应用产生冲突，导致短信消失，建议尝试关闭这些应用，或者卸载并重新安装。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份手机数据后，尝试恢复手机的出厂设置，或者联系苹果官方客服寻求帮助，恢复手机的出厂设置会清除手机上的所有数据，所以在操作前要确保备份好重要数据，如果手机购买了AppleCare+服务，可能可以享受到免费的维修和更换服务。
