短信未读删除后显示有三条，可能是由于短信应用中的缓存或同步问题导致的。可以尝试以下几种方法来解决这个问题。
1、重启设备：有时候简单的重启可以解决一些临时性的软件问题。
2、清除短信应用缓存：进入手机的设置，找到应用管理或者应用设置，然后选择短信应用，点击清除缓存。
3、清除短信数据：同样在设置中，找到短信应用，选择清除数据，这将会删除所有短信和未读标记，需要重新输入验证码等验证信息，如果短信中有重要的未读信息，请先备份或确认已保存。
4、检查其他通知：有时候未读消息可能来自其他应用或系统通知，检查其他相关应用的通知设置。
5、更新应用：确保短信应用是最新版本，开发者可能在新版本中修复了一些已知的问题。
6、恢复出厂设置：如果以上方法都无效，可以考虑恢复出厂设置，但请注意，这将会清除手机中的所有数据，包括已安装的应用、系统设置等，如果决定进行此操作，请确保备份重要数据。
如果问题仍然存在，建议联系手机制造商的客服或访问附近的售后服务中心，以获取更专业的帮助。
