如果您的苹果手机短信已经清理完毕，但仍然在通知中心或短信应用上显示出数字，这可能是由于以下几种原因造成的。
1、通知中心的缓存数据未更新：有时候即使短信已经被删除，通知中心的缓存数据可能还未更新，因此仍然会显示数字，您可以尝试重启设备，这通常可以清除缓存并更新通知中心的数据。
2、短信应用中的未读通知：在短信应用内，可能存在未读通知（如群组信息、聊天室等），即使所有短信对话被删除，这些未读通知仍然会显示数字，您可以打开短信应用，检查是否有未读通知并阅读或清除它们。
3、软件错误或系统问题：软件的错误或系统问题可能导致短信计数不准确，您可以尝试检查软件更新，确保您的设备和短信应用都是最新版本，如果问题仍然存在，您可以考虑进行设备恢复或联系苹果官方客服寻求帮助。
情况是基于常见问题的推测，如果以上方法无法解决问题，建议您直接联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求专业的技术支持和帮助。
