两个手机卡的短信是否会同步，以及如何进行设置，取决于手机型号、操作系统以及是否开启了相关同步功能。
对于某些手机，特别是使用同一账户或多个设备间同步设置的情况下，短信可能会同步，如果使用iPhone且两个手机卡对应的是同一个Apple ID，并且已经开启了iCloud同步功能，那么短信可能会在两个设备间同步，但这也取决于是否设置了信息转发功能，对于Android手机，如果使用的是同一账户并开启了相关同步设置，也可能出现短信同步的情况。
如果想让两个手机卡的短信不同步，可以在手机的设置里找到“信息和应用”或“账户与同步”等选项，关闭相应的同步功能或取消选择自动同步短信，具体的操作步骤可能会因手机品牌和操作系统版本的不同而有所差异，如果不确定如何操作，建议查看手机的使用说明书或联系手机品牌的客服进行咨询。
虽然设置不同步可以保护隐私，但也可能导致在某些情况下错过重要信息，在做出决定前请权衡利弊，某些手机可能还提供了更为细致的设置选项，比如选择只同步特定联系人的短信等，可以根据个人需求进行设置。
