短信调起小程序设置密码保护的具体步骤可能会因小程序的具体类型、开发平台和用户需求而有所不同。但一般来说，可以通过以下步骤来实现。
1、设计密码策略：你需要设计一套密码策略，包括密码的长度要求、字符组成要求等，还需要考虑密码的复杂度要求，如是否需要包含字母、数字、特殊字符等。
2、创建用户账户：在小程序中创建一个用户账户系统，每个用户都需要有一个唯一的账户标识，这个账户标识可以是用户的手机号或者其他唯一标识符。
3、设置密码输入和验证：在小程序中添加一个密码输入框，让用户输入他们的密码，你需要有一个验证机制来验证用户输入的密码是否符合你的密码策略要求。
4、加密存储密码：对于存储用户密码，绝对不能以明文形式存储，应该使用加密算法对用户密码进行加密处理后再存储到服务器，常用的加密算法有MD5、SHA等。
5、实现登录验证：当用户尝试登录时，他们需要输入他们的账户标识和密码，系统需要验证用户输入的账户标识和密码是否匹配，如果匹配，则允许用户登录；否则，拒绝用户的登录请求。
6、短信调起与验证：对于通过短信调起小程序的功能，除了上述的账户和密码验证外，还需要实现短信验证码的验证，在用户输入手机号后，系统需要发送一个验证码到用户的手机上，用户输入正确的验证码后才能继续操作。
7、设置额外的安全层：除了基本的密码保护外，还可以添加其他的安全措施，如定期更换密码、密码找回功能、账户异常监测等，以增强系统的安全性。
上述步骤只是一个大致的框架，具体的实现方式还需要根据你的小程序的具体需求和开发环境来确定，开发过程中需要注意保护用户隐私和数据安全，遵守相关的法律法规，如果你不熟悉这方面的开发，建议寻求专业的开发人员的帮助。
