如果您的苹果手机短信已经清理完毕，但仍然显示数字提示未读短信，这可能是由以下几个原因导致的。
1、通知标记未更新：有时即使短信已经被删除，通知中心的标记可能没有及时更新，您可以尝试手动刷新通知中心或重新启动手机，看看数字是否消失。
2、短信应用缓存：可能是短信应用的缓存导致的，您可以尝试进入手机的设置，找到短信应用并清除其缓存和数据，然后重新打开短信应用查看是否还有数字显示。
3、第三方应用干扰：如果您安装了某些第三方应用，它们可能会影响短信应用的正常运行，您可以尝试关闭这些应用，或卸载它们后查看问题是否解决。
4、系统错误：在某些情况下，这可能是系统错误导致的，您可以考虑备份手机数据，然后恢复手机的出厂设置，这通常可以解决一些系统错误问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案来帮助您解决这个问题。
