iPhone短信清空后仍然显示红点，可能是由于以下原因。
1、消息计数器的显示问题：可能是由于消息计数器的显示出现了异常，导致即使已经清空短信，仍然显示红点，可以尝试重启设备，或者通过重新开关飞行模式来解决这个问题。
2、未读短信或通知：即使已经清空了短信，如果有新的未读短信或通知，仍然会显示红点，请检查是否有新的短信或通知，并阅读或处理它们。
3、软件问题：有时，iOS系统的软件问题可能导致短信功能出现错误，可以尝试升级iOS系统到最新版本，或者恢复设备的出厂设置来解决这个问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或者前往苹果专卖店进行检查和修复。
