苹果手机的短信功能不显示主卡副卡可能有以下几种原因。
1、可能是iPhone的问题，可以尝试重启设备或更新系统，如果使用的是非原生短信应用，可能需要更新或更换应用。
2、检查手机设置是否正确，在iPhone上，可以通过“设置”-“蜂窝移动网络”查看两张卡的设置，确认是否都启用了短信功能，在发送短信时，可以通过选择使用哪个号码来发送短信，如果仍然无法选择主副卡发送短信，请联系运营商查询是否因为SIM卡不支持短信功能。
3、如果使用的是双实体SIM卡，可能是系统存在漏洞或者硬件故障导致的，可以尝试将两张SIM卡的位置调换一下，看是否能解决问题，如果问题仍然存在，请联系苹果官方客服进行处理，如果使用的是虚拟卡（如一张实体SIM卡配合一张虚拟SIM卡），则需要确认虚拟SIM卡的运营商是否支持短信功能。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或者前往苹果专卖店进行检查和维修。
