在iPhone上区分主卡和副卡号码的短信，可以通过以下方法。
1、双卡双待手机：在发送短信时，可以在短信编辑界面的“收件人”或“对话”栏中输入主卡或副卡的号码来区分，可以在手机的设置里查看默认使用哪张卡发送短信，如果使用的是iPhone XR或更高版本的iPhone，可以在发送短信的界面上选择主号或副号。
2、使用不同的SIM卡时：如果使用的是物理SIM卡的iPhone，并且同时使用两张SIM卡，可以在设置中选择不同的蜂窝号码来区分主卡和副卡，发送短信时，确保已选择正确的蜂窝号码，可以在手机的设置中找到蜂窝移动网络选项，里面会显示两张卡的手机号码和相关信息。
具体的操作可能会因手机型号和系统版本的不同而有所差异，如有疑问，建议查看手机的用户手册或联系手机制造商获取更多信息。
