如果您的苹果短信总是显示未读消息，即使您已经阅读并回复了所有的消息，这可能是由以下几个原因导致的。
1、软件问题：有时，设备的操作系统或短信应用程序可能会出现一些错误或故障，导致短信状态显示不正确，您可以尝试重新启动设备或更新操作系统和短信应用程序到最新版本，看看问题是否得到解决。
2、短信未完全同步：如果您在多台设备上使用相同的Apple ID并启用了iCloud信息同步，那么可能存在短信未完全同步的情况，您可以尝试在不同的设备上手动同步一下信息，看看是否可以解决问题。
3、未删除通知：即使您已经阅读了短信，如果您没有删除该条短信的通知，那么通知中心仍然会显示未读消息，您可以检查通知中心并确保已删除所有相关的通知。
4、短信仍然处于“草稿箱”状态：如果您在编写短信时选择了保存为草稿而没有发送出去，那么这条短信将一直存在于草稿箱中并显示为未读消息，您可以检查草稿箱并确保没有未发送的短信。
如果以上方法都无法解决问题，您可以尝试重置设备上的所有设置或者联系苹果客服寻求进一步的帮助，确保您的设备安全并备份重要数据也是非常重要的。
