当银行卡扣短信服务费余额不足时，银行通常会采取以下措施。
1、短信通知：银行会发送短信通知，告知用户账户余额不足，短信服务费未能成功扣除。
2、补缴服务费用：用户需要登录银行网上银行或前往银行柜台，手动补缴短信服务费，有些银行可能允许用户在手机银行上进行自助缴费。
3、暂停短信通知服务：如果用户长时间未补缴短信服务费，银行可能会暂停用户的短信通知服务。
为了避免因余额不足导致短信服务费扣除失败，建议用户定期查看银行账户余额，确保账户内有足够的资金支付服务费用，由于不同银行的具体操作规定可能不同，建议直接咨询开户银行的客服人员，获取最准确的信息。
