苹果手机清空短信后，如果短信图标仍然显示，可能有以下几种原因。
1、短信应用仍然有未读消息或通知：即使已经删除了所有短信，但如果还有未读的消息或通知，短信图标上可能会显示未读消息的数量，可以进入短信应用，查看是否仍有未读消息，如果有，请标记为已读或清除通知。
2、短信数据同步问题：如果使用了iCloud或其他云服务同步短信，可能在设备上同步了已删除的短信数据，可以尝试关闭iCloud或其他云服务中的短信同步功能，然后重新同步来解决问题。
3、系统缓存问题：有时候系统缓存可能会导致图标显示异常，可以尝试重启手机，或者前往设置中的“应用管理”或“应用与数据”中，找到短信应用并尝试清除缓存。
4、应用图标缓存问题：手机可能因为误操作或其他原因误删了应用的图标缓存，可以尝试删除短信应用的数据（注意这会删除应用的本地数据，如短信历史记录等），然后重新打开应用看是否能解决问题，具体操作是前往设置中的“应用管理”或“应用与数据”，找到短信应用并删除数据。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果公司客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。
